As ausências (faltas e atrasos) do estagiário podem ser descontadas do valor da bolsa?

Sim. De acordo com a Cartilha Esclarecedora do Ministério do Trabalho e Emprego, a remuneração da bolsa-estágio pressupõe o cumprimento das atividades previstas no Termo de Compromisso do Estágio. Ausências eventuais, devidamente justificadas, poderão ser objeto de entendimento entre as partes (poderão ou não gerar desconto). Ausências constantes, no entanto, poderão gerar a iniciativa da parte concedente não apenas de descontar percentuais do valor da bolsa, mas até mesmo de rescindir o contrato.